Beliau lahir dengan nama Masako Owada (小和田 雅子, Owada Masako), sebagai anak perempuan tertua dari Hisashi Owada, seorang diplomat senior, yang saat ini adalah Presiden Mahkamah Internasional. Beliau memiliki dua adik perempuan kembar bernama Setsuko dan Reiko.[1]

Masako tinggal di Moskow bersama orang tuanya ketika Beliau berusia dua tahun, dan menyelesaikan pendidikan taman kanak-kanak di sana. Setelah kembali ke Jepun, Beliau masuk sekolah putri swasta di Tokyo, Denenchofu Futaba, sejak sekolah dasar sampai tahun kedua sekolah menengah atas. Masako dan keluarganya pindah ke Amerika Serikat ketika ayahnya menjadi dosen tamu di Universitas Harvard dan wakil duta besar Jepun untuk Amerika Serikat. Pada tahun 1981, Beliau lulus dari Belmont High School. Masako juga menjadi presiden National Honor Society di sekolah menengah atas tersebut.[2]

Masako meraih gelar BA di bidang Ekonomi secara magna cum laude dari Universitas Harvard dan mengambil kuliah namun menyelesaikan pasca sarjana Hubungan Internasional di Balliol College, Universitas Oxford. Beliau juga sempat belajar sebentar di Universitas Tokyo, dalam rangka persiapan ujian masuk ke Departemen Luar Negeri Jepun.[3]

Selain bahasa Jepun, Beliau juga fasih berbahasa Inggris dan Perancis, serta disebutkan menguasai percakapan standard dalam bahasa Jerman, Rusia, dan Spanyol.[4][5]